2026/11/11

労働基準監督署から、突然、調査（臨検監督）の連絡が入ったり、予告なく労働基準監督官が会社を訪れたりすることがあります。従業員や退職者からの申告をきっかけとする場合も多く、会社としては、何を調べられ、どのような処分があり得るのかが分からないまま対応を迫られることになります。

労働基準監督署の調査はどのように進み、会社はどのように対応すべきなのでしょうか。

結論からいうと、調査への対応を誤ると、是正勧告にとどまらず、多額の残業代の遡及払いや書類送検に発展することもあるため、初動の段階で専門家に相談しながら対応することが重要です。本コラムでは、労働基準監督署の調査の仕組みと、調査を受けた会社の対応について、解説します。

1.調査の種類と権限

労働基準監督署が行う調査は、主に、①計画的に対象を選んで行う定期監督、②従業員等からの申告を受けて行う申告監督、③労働災害の発生を受けて行う災害時監督、④是正勧告への対応状況を確認する再監督、に分けられます。

労働基準監督官は、労働基準法１０１条に基づき、事業場に立ち入り、帳簿や書類の提出を求め、使用者や労働者に尋問する権限を持っています。また、労働基準法違反の罪について、司法警察官としての職務を行う権限も持っています（同法１０２条）。

そして、調査を拒んだり、虚偽の帳簿を提出したり、虚偽の陳述をしたりすることは、それ自体が処罰の対象になります（同法１２０条）。調査には誠実に対応することが前提になります。

2.調査での確認事項

調査では、一般に、次のような書類の提出が求められます。

第一に、労働時間に関する書類です。タイムカードや出勤簿、三六協定（時間外・休日労働に関する協定届）、変形労働時間制やフレックスタイム制を採用している場合にはその協定や規程が確認されます。

第二に、賃金に関する書類です。賃金台帳、給与明細、固定残業代や各種手当の定めが確認され、割増賃金が法定どおりに計算されているかが調べられます。

第三に、労働条件に関する書類です。就業規則、雇用契約書や労働条件通知書、年次有給休暇の管理簿などが確認されます。

第四に、安全衛生に関する書類です。健康診断の実施記録、ストレスチェックの実施状況、衛生委員会の議事録、産業医の選任状況などが確認されます。

従業員等からの申告を受けて行う申告監督の場合には、申告した従業員の労働時間や賃金に関する事項が重点的に調べられますが、調査の範囲は申告内容に限られず、調査の過程で判明した他の違反についても指摘を受けることがあります。

3.調査後の処分と対応

（１）是正勧告と指導

調査の結果、法令違反が認められた場合には、是正勧告書が交付され、期日までに是正して報告するよう求められます。違反とまではいえないものの改善が望ましい事項については、指導票が交付されます。

是正勧告は行政指導であり、それ自体に法的な強制力はありませんが、是正勧告に従わない場合には、再監督を経て、書類送検に進むおそれがあります。実務上、是正勧告を受けた会社は、期日までに是正し、是正報告書を提出するのが通常です。

（２）残業代の遡及

割増賃金の未払が指摘された場合、是正勧告では、未払分を遡って支払うよう求められます。遡及払いの対象期間や対象者の範囲は、申告者のみか全従業員か、どの程度の期間かなど、事案や監督署の判断によって異なり、会社側の事情を踏まえて範囲が決まることもあります。この点は会社の負担額を大きく左右するため、弁護士に相談しながら対応することをお勧めします。

（３）書類送検

悪質な違反や、是正勧告を無視した場合には、労働基準監督官が捜査を行い、事件を検察庁に送致することがあります。書類送検された事実は、企業名とともに公表されることがあり、会社の信用に大きな影響を及ぼします。

4.調査を受けた会社の対応

第一に、調査の連絡を受けた段階で、求められている書類を確認し、不足しているものや内容に問題があるものを把握します。書類が整っていないからといって、この段階で日付を遡って作成するなどの対応をしてはいけません。

第二に、調査当日は、労務管理の責任者が対応し、質問に対して事実に基づいて回答します。分からない点はその場で曖昧に答えず、確認して後日回答する旨を伝えることが適切です。

第三に、是正勧告を受けた場合には、指摘された事項を正確に理解したうえで、是正の方法と報告の内容を検討します。残業代の遡及払いのように負担の大きい事項については、監督署との協議の前に方針を固めておく必要があります。

第四に、是正の過程で、従業員への説明や就業規則の改定が必要になることがあります。これらは労働条件の変更を伴うことも多いため、法的に有効な手順で進める必要があります。

第五に、申告監督の場合、申告した従業員を特定しようとしたり、申告を理由に不利益な取扱いをしたりしてはいけません。申告を理由とする不利益取扱いは法律で禁止されており（労働基準法１０４条２項）、これ自体が新たな違反として扱われます。

5.調査に備えるために

労働基準監督署の調査は、申告があれば避けることができませんが、日頃から、①労働時間を客観的に記録する仕組みを整えておくこと、②三六協定を適切に締結・届出し、上限の範囲内で運用すること、③割増賃金の計算方法を法定どおりにしておくこと、④就業規則や協定届を最新の状態に保つこと、ができていれば、調査を受けても大きな指摘を受ける可能性は低くなります。

顧問弁護士がいれば、調査の連絡が入った際にも、会社の事情を把握している弁護士が初動から対応することができます。

6.最後に

今回は、労働基準監督署の調査の仕組みと、調査を受けた会社の対応について、解説しました。

当事務所は、１９８３年の創業以来、京都・滋賀・大阪を中心とする企業の顧問弁護士を務めており、労働問題にも継続的に対応してきました。

労働基準監督署の調査にお困りの企業様は、お気軽に当事務所までご相談ください。

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